Historia dzieje się w przyszłości po tym, jak dziewięćdziesiąt procent ludzkości zostało zniszczonych w wyniku inwazji obcych najeźdźców. Ci, którzy przeżyli, mieszkają w schroniskach, w których ich życie jest monitorowane, a wspomnienia z inwazji są usuwane. Trzej nastolatkowie ze schronu zostali wybrani do pilotowania trzech robotów, które łączą się w robota Musashi wykonane z materiału zwanego stopem megatronu. Jednak każdy pilot maszyny zrobotyzowanej stanie w obliczu niewyobrażalnego zagrożenia.