Wydarzenia drugiego sezonu rozwijają się natychmiast po pierwszym, po wakacjach w ostatnim semestrze edukacji Tomoya w szkole średniej. Tomoy przyznał się do miłości Nagisa , a teraz zaczęli wspólne życie. Ale ponieważ nie ma światła bez cienia, nie ma szczęścia bez smutku. Przed bohaterami czekają ciężkie próby i wstrząsy ...